Peugeot Boxer II esiteltiin ensimmäistä kertaa vuonna 2006. Samana vuonna massatuotanto aloitettiin Italiassa ja Meksikossa. Peugeotin uusi pakettiauto sai entistä virtaviivaisemman muodon, jonka ansiosta ilmanvastuskerrointa oli mahdollista vähentää vielä muutamalla prosentilla (Cx = 0,31). Peugeot Boxer II:n oli tarkoitus yhdistää pakettiauton kapasiteetti ja monipuolisuus henkilöauton mukavuuteen. Seurauksena, saatavana olevien korin versioiden valikoimaa lisättiin, ja ohjaamoon tehtiin joitain parannuksia.
Peugeot Boxerin toinen sukupolvi toi tyylisiä muutoksia. Konepelti erotettiin selvästi puskurista, mikä loi selkeän kynnysarvon. Tämän mallin omistajat ja harrastajat totesivat osuvasti, että pakettiauto vaikuttaa siltä kuin pullistelisi lihaksia. Puskurin ytimessä oli muovinen. Konepelti on kääritty valoihin molemmilta puolilta uudessa muotoilussa. Merkittävä muutos koski myös sivupeilejä, joihin on sisäänrakennetut suuntavalaisimet. Valmistaja tarjosi niitä myös versioina, joissa ulkolämpötila-anturi on sisäänrakennettu peiliin. Ajoneuvon takaosaan ilmestyivät nykyaikaisemmat takavalot, jotka sijaitsivat takapilareissa. Rahtiversiossa oli vielä enemmän lastitilaa ja se tarjosi 6 varianttia 8 - 17 m3 ja kuormitettavuus (4 versiota) oli 1 - 2 tonnia. Matkustajaversiosta oli 8-matkustaja-farmarin lisäksi saatavana myös 15-matkustaja-pikkubussi.
Ranskalainen autovalmistaja luopui kokonaan bensiinimoottoreista. Suoritetut analyysit osoittivat, että pakettiautoissa bensiiniyksiköitä valitsee useita kertoja vähemmän asiakkaita kuin dieselmoottoreita. Tästä syystä ajoneuvon eurooppalainen versio on nykyään saatavana vain öljymoottoreilla. Toisen sukupolven Boxerissa oli kahden tyyppisiä käsikäyttöisiä vaihdelaatikoita - 5-vaihteinen ja 6-vaihteinen, jotka toimittivat voiman suoraan etuakselille.
Peugeot Boxer II:n sisälle yritettiin tehdä muutoksia, jotka tekisivät siitä mahdollisimman samanlaisen kuin henkilöauto. Valmistaja ei tietysti unohtanut lisätä muutamia taskuja ja säilytyslokeroita, jotka lisäsivät pakettiauton avaruuspotentiaalia. Uusi versio on suunniteltu siten, että siihen voidaan asentaa lisälaitteita – automaattinen ilmastointi, audiojärjestelmä handsfree-laitteella tai GPS-satelliittinavigointi. Vuosien mittaan ja tekniikan kehityksen myötä pakettiautoihin otettiin vähitellen muut henkilöautoissa käytetyt ratkaisut.
Vuonna 2014, kahdeksan vuotta ensiesityksen jälkeen, on tullut aika Peugeot Boxer II:n kasvojen kohotukselle. Joillekin ihmisille muutokset olivat niin suuria, että he kutsuvat tätä versiota pakettiauton kolmanneksi sukupolveksi. Tämä ei kuitenkaan ole ammattilainen nimeäminen, koska valmistaja ilmoitti selvästi, että se oli vain kasvojenkohotus. Suurin muutos oli etuosan uusinta, joka sopi ranskalaisen tuotemerkin malleihin. Suunnittelun tarkoituksena oli saada vakuuttamaan pakettiautosta kiinnostuneet ihmiset. Muut muutokset koskivat asetusvaihtoehtoja. Ajoneuvon takaosaa on laskettu 7 senttimetriä pneumaattisen jousituksen käytön ansiosta. Tarjottujen mallien suurimman kokonaispaino on 4 tonnia, kun taas ihmisten kuljetukseen tarkoitettu versio tarjoaa 8 paikkaa. Konepellin alla oli jälleen 2 dieselyksikköä, joilla oli sama kapasiteetti kuin ennen. Tällä kertaa pienempi moottori oli kuitenkin saatavana kolmessa tehovaihtoehdossa - 110, 130 tai 150 hv. Suurempi yksikkö tuottaa 180 hv. Uudistettu versio sisältää uusia ajovaloja, joissa on LED-päiväajovalot. Kuljettajien ja matkustajien optimaalisen mukavuuden takaamiseksi istuimet on korvattu täysin uudella sukupolvella. Hyödyllismuutoksista tulisi mainita myös konsoliin integroitu kuppisäiliö ja pidike mobiililaitteille ja muistikirjoille.
