Fiat Ducaton toisen sukupolven kehittämisen työ aloitettiin jo vuonna 1987. Korin suunnittelusta vastasi Giorgetto Giugiaro Ital Designista. Uuden Ducaton oli tarkoitus olla läpimurto hyötyajoneuvojen aerodynamiikan suhteen ilmakestävyyden optimaalisen (tuolloin) vähentämisen ansiosta. Toisen sukupolven Ducaton virtaviivaistettu etuosa vaikutti tulokseen Cx = 0,35, mikä oli paras tulos eurooppalaisten pakettiautojen joukossa kyseisenä ajankohtana. Vanha tyyli hylättiin kokonaan, seuraamalla aikaansa. Uuden ajoneuvon sisäinen, väliaikainen nimitys oli termi Tyyppi 230.
Ducaton toinen sukupolvi esiteltiin ensimmäistä kertaa maaliskuussa 1994 Geneven messuilla. Vuosi myöhemmin Italian pakettiauto voitti ensimmäisen sijan arvostetussa kilpailussa vuoden parhaasta pakettiautosta (Van Of The Year). Jotkut edellisen sukupolven aikana toimineet suunnitteluratkaisut ylläpidettiin. Etuvetoa päätettiin käyttää, moottori asetettiin poikittain. Etujousitus perustuu McPhersonsiin, kun taas takana on jäykkä akseli parabolisissa jousissa. Painopiste oli kuitenkin korin monien muunnelmien luomisessa, joiden pituudet, korkeudet ja eri akselivälit olivat erilaisia. Fiat Tolennon kehittämisen sijaan päätettiin yksinkertaisesti luoda pienempi, kompakti versio Ducato II:stä, jonka pituus oli 4521-5681 mm ja akseliväli 2850-3700 mm. Fiat Ducato II:n oli tarkoitus olla nykyaikaisempi, aerodynaamisempi ja mukautettu laajimman asiakasryhmän tarpeisiin. Yleisimmät olivat 1.9D-dieselmoottorilla varustetut versiot. Alussa oli saatavana vain yksi versio 109 hevosvoiman bensiinimoottorista. Syyskuussa 2000 aloitettiin Fiat Ducato II:n tuotanto Sete Lagoasissa, Brasiliassa.
Vuonna 2002 Fiat Ducato uudistettiin. Korin kasvojen kohotuksen lisäksi myös ajoneuvon sisustus ja käytettävissä oleva moottorivalikoima muuttettiin. Se oli myös ensimmäinen Ducaton versio, joka oli saatavana tehdasversiossa 4x4-vedolla. Lisäksi bensiinimoottorivalikoimaa oli kehitetty. Ne olivat edelleen kahden litran yksiköitä, mutta otettiin käyttöön paineistetulla kaasulla (CNG, 97 hv) ja nestekaasulla (LPG, 109 hv) toimivat versiot. Uudistetun pakettiauton sisäinen merkintä oli Tyyppi 244. Muutokset olivat niin suuria, että monet ihmiset pitivät päivitettyä versiota täysin uudena sukupolvena. Ajoneuvon tärkeimmät elementit, kuten runko ja ajovaihteet, olivat kuitenkin tyyppiä 230, joten näitä muutoksia pidetään vain kasvojenkohotuksena. Kaikki Ducato II:n dieselyksiköt varustettiin Common Rail -ruiskutuksella. Tämä merkitsi palamistason alenemista lisäten samalla tehoa. Vahvin yksikkö tuotti tehoa 146 hv. 15. joulukuuta 2005 yritys ilmoitti menestyksestään. Juuri tänä päivänä valmistettiin kolmas miljoonas Fiat Ducaton kappale. Tämä tulos auttoi lisäämään tuotantoa 9 ajoneuvoon päivässä. On syytä mainita, että Ducato II:n uudistettu versio oli niin suosittu Brasiliassa, että sitä valmistettiin vuoteen 2018 saakka. Tämä oli mahdollista, koska Etelä-Amerikassa ei ollut päästörajoituksia.
